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TOPIC: DTI60 directions

DTI60 directions 7 years 2 months ago #6

  • jeanlouis
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Bonjour,
tout d'abord merci pour ce logiciel de qualité !
Une question:
j'ai plusieurs datasets d'images DTI (IRM GE 3T) dans le cadre d'un protocole de recherche, que je souhaiterai charger dans votre logiciel.
Le problème est que le dossier contenant ces images est volumineux (>500Mo) et qu'il contient de nombreux fichiers (>3400). La procédure d'importation dans la database se bloque apres avoir affiché 100% pour l'importation et 50% pour la phase "jobs".
La phase "jobs" reste alors bloquée à ce niveau et je n'obtient aucune image dans la database.
Pouvez vous m'aider, s'agit-il d'un bug connu ?

Cordialement
JL
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Re: DTI60 directions 7 years 2 months ago #8

  • bbleuze
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Bonjour, pourriez vous nous dire de quel format/extension d'image il s'agit?
Ensuite, si vous étiez vous utilisateur de MedINRIA v1.x, ces images là étaient-elles lisibles dans ce logiciel?

le nombre de fichier en lui même ne devrait pas être un problème, mais la reconstruction du volume pourrait l'être si le format n'est pas reconnu.

Benoit.
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Re: DTI60 directions 7 years 2 months ago #14

  • jeanlouis
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Bonjour,
1 - en fait il s'agit d'un format DICOM GE 3T (chaque image est enregistrée dans un fichier unique) et je peux ouvrir dans le viewer une image unique de ce type.
C'est quand je fais l'importation de toute la série que la procédure se bloque.
2 - Je n'étais pas utilisateur de MedInria v1.x , j'ai découvert votre logiciel récemment et sa qualité m'a paru bien superieure au reste des logiciels gratuits existants pour ce type d'application. :)
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Re: DTI60 directions 7 years 2 months ago #16

  • bbleuze
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Normalement les DICOM sont plutot bien gerés, mis à part les tags privés que GE peut insérer bien sûr.

Nous n'avons pas testé de volumes avec un si grand nombre de fichier malheureusement. Le fait que medInria ne retourne pas d'erreur et attende est un bug connu lors de certaines erreurs dans l'importation. Nous travaillons a améliorer le sysème de détection d'erreur dans la db en ce moment.
En fait un reader Dicom a un moment n'a pas pu ouvrir une image pour une raison inconnue de la boucle d'importation et plus important elle n'a pas été mis au courant de cette erreur, et attend toujours l'arrivée d'images.

Donc l'attente de medInria est un effet de bord d'un problème de lecture. Pour connaitre le problème d'importation lui-même il nous faudrait:
  • soit essayer nous même l'importation (si vous avez le droit de nous communiquer ces images, et si elles sont anonymisées).
  • soit jeter un oeil aux logs de l'application.

Sous quel OS utilisez vous medInria? Vous pouvez visualiser la sortie standard de l'application sous mac et linux pour l'instant.

Benoit
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